Derivado de su formación cristiana, le obsesionaba la ambivalencia e injusticias divinas que se le aparecían en El Libro de Job. Esto originó su libro Respuesta a Job publicado en l956.

En el libro Mysterium Conjunctionis publicado en 1956 profundiza sobre la unificación que produce la alquimia y la relaciona con la transferencia entre paciente y terapeuta como factor sanador.

También en ese año publicó Psicología de la transferencia”, que ilustró con dibujos extraídos de un antiguo texto alquímico.

En 1958 publicó Sobre Cosas que se ven en el Cielo, que trata sobre los OVNIS (objetos voladores no identificados). Los considera como el anhelo del hombre que mira al cielo en épocas conflictivas buscando una solución, y ese anhelo le hace ver imágenes no existentes (visualización de arquetipos).

En la primavera de 1957, empezó a dictar su autobiografía a Aniela Jaffé. En abril de 1958 finalizó la primera parte que abarca hasta el fin de sus estudios de medicina en 1900. En el verano de 1959 terminó de dictar. Nunca consideró este libro como obra suya, lo llamaba el libro de Aniela y pidió que no se incluyera en sus obras completas. Se publicó en diciembre de l96l con el título de Recuerdos, Sueños, Pensamientos. Es un libro apasionante, que absorbe por entero al lector, y en el cual está retratado Jung en toda su dimensión humana, que lo hace el hombre excepcional que fue.

Al final de su vida Jung había decidido concentrarse en el estudio de la esencia de los números naturales, en los que veía estructuras arquetípicas y una manifestación original y primitiva del espíritu.

Carl Gustav Jung recibió numerosos reconocimientos y títulos honoríficos de varias prestigiosas universidades del mundo, no sólo por sus profundas investigaciones y descubrimientos relacionadas con la psique humana, sino también porque con sus creadoras concepciones influyó en diversas y especializadas disciplinas. Jung constituyó también el puente, que hizo despertar a occidente, y mirar y aprender de la espiritualidad de oriente.