El oficio de predicador y de profesor de religión del padre por sí mismo no interesaba al joven Carl. La Iglesia reformada, despojada de toda imagen, no ofrecía atracción al alma agitada de este ser, en búsqueda de las profundidades y del reverso de las cosas. Mientras el padre exhortaba a su auditorio a profundizar a través de la fe los misterios de la revelación, el hijo tenía la impresión que los adultos estaban conminados a no poder realizar nunca lo que les era tan extraño a ellos como a su predicador y pastor. En breve, C. G. Jung era entonces testigo de un cristianismo excesivamente pobre en experiencias interiores . Allí no se podía encontrar el mundo que le interesaba. Este estaba lleno de misterios que se ocultaban en las piedras, las plantas y los animales. Sueños e imágenes potentes lo incitaban a penetrar siempre más profundamente en las regiones misteriosas de la psique. Lo que, al comienzo, no revestía más que las formas ingenuas de una búsqueda infantil, se esclarecía poco a poco en la confrontación con un padre muerto prematuramente y, sobre todo, a través de sus futuros estudios de medicina.

Con el transcurso del tiempo, llegó el momento de decidir qué carrera estudiar en la universidad y, después de algunas indecisiones, optó por ciencias naturales y medicina, gracias a una beca que consiguió su padre en la universidad de Basilea, desde 1895 a 1900. Este año obtuvo su licenciatura. Jung escogió prolongar sus estudios con una especialización en psiquiatría, pues, a través de ella, podría satisfacer su interés por las ciencias naturales y la medicina a la vez que por las ciencias del espíritu. Dicho de otra manera, el campo de investigación del psiquiatra abarca notoriamente lo que se puede considerar estados de excepción, como son los dominios del sueño y de la locura, así como los fenómenos parapsicológicos de todos géneros. Su tesis de doctorado es titulada: Psicología y patología de los fenómenos ocultos”, Leipzig, 1902. Es un estudio sobre las manifestaciones mediumnímicas de una prima. Allí expone que el espíritu que se manifiesta, es una parte no integrada de la personalidad de la médium.