Sucede que cuando la fiebre rosicruciana estaba en su apogeo en Alemania y en Bohemia, el joven Descartes recorría esos países como soldado del príncipe Mauricio de Nassau. Se dice que su iluminación- de donde salió el Cogito ergo Sum – tuvo lugar en la noche del 9 al 10 de noviembre de 1619, en Neubourg , sobre el Danubio. En junio de 1620 se encontró en Ulm con el matemático y ocultista Johann Faulhaber, autor en 1615 de un libro abiertamente dedicado a los Hermanos de la Rosa-Cruz. Descartes regresó a París en el momento mismo en que los Rosa-Cruz se manifestaban por la primera vez en 1623.

De ahí la pregunta tantas veces formulada: fue Descartes uno de los Hermanos de la Rosa-Cruz.? El fue acusado de ello desde su retorno, y es posible que haya estado en peligro. Refutó esta acusación con un silogismo incomparable: Los Rosa-Cruz son invisibles, nadie jamás los ha encontrado. Yo estoy aquí. Entonces… No se le preguntó si la invisibilidad de los Hermanos no significaba una adhesión clandestina,
y para é1 todo quedó así. No se sabrá entonces jamás la verdad, salvo exhumación de algún libro mágico,
lo que no está excluido.

Con Descartes, vemos por la primera vez al secreto rosicruciano cruzar el camino de la más alta ciencia. Cinco años más tarde, los trágicos sucesos de la Europa central dispersan hacia Inglaterra refugiados de Polonia, Bohemia y del Palatinado. Entre ellos, hay sabios que fundan una escuela de la que se hace mención en documentos privados (publicados más tarde) donde se hallan las primeras alusiones a un Colegio invisible . En una carta fechada en octubre de 1646, el joven Roberto Boyle pide a su anciano preceptor que le envíe libros que os harán ser bienvenido en nuestro Colegio invisible . Recordemos que Boyle descubrirá bien pronto el mecanismo de la combustión, que será el primero que distinguirá mezcla
y combinación . En síntesis, es uno de los fundadores de la ciencia moderna. En l647, é1 escribe todavía: Las piedras angulares del Colegio invisible me honran siempre con su compañía . Estas piedras angulares, dice él, son hombres de espíritu tan competente y penetrante que la escuela filosófica no es más que el dominio inferior de su conocimiento. En el siglo XVII, filosofía significaba ciencia.