El continuo movimiento de energía a través del sistema se traduce en fluctuaciones; si éstas son pequeñas, el sistema las absorbe y no llegan a alterar su integridad estructural. Pero cuando las fluctuaciones alcanzan un nivel crítico, perturban el sistema. Aumentan el número de interacciones nuevas en su interior, agitándolo. Los elementos de la antigua estructura entran en contacto entre sí en nuevas formas, nuevas conexiones. Las partes se reorganizan en una nueva totalidad. El sistema se escapa hacia un orden más elevado.
Cuanto más compleja o coherente es una estructura, tanto mayor es el nivel siguiente de complejidad. Cada transformación hace más probable la siguiente. Cada nuevo nivel posee un nivel de integración y de conexión superior al que le precede, por lo que requiere para su mantenimiento un flujo mayor de energía, lo que le hace ser aún menos estable. Dicho de otro modo, la flexibilidad engendra flexibilidad. Como decía Prigogine, en los niveles de complejidad elevados cambia la naturaleza de las leyes de la naturaleza. La vida come entropía. Tiene la capacidad de crear nuevas formas por el simple procedimiento de permitir la agitación de las antiguas.
Los elementos de una estructura disipativa colaboran a provocar la transformación del conjunto. En ese cambio, incluso las moléculas no se limitan a interactuar con sus inmediatas vecinas, precisa Prigogine, sino que ellas también muestran un comportamiento coherente, apropiado a las necesidades del organismo originario. A otros niveles, los insectos cooperan en el seno de sus colonias, y los seres humanos en el marco de las formas sociales. Recientemente se ha informado sobre un nuevo ejemplo de estructura disipativa en una clase de bacterias situadas experimentalmente dentro del agua, medio específicamente ajeno a ellas. Las bacterias se pusieron a interactuar de una forma sumamente organizada que permitió la supervivencia de algunas de ellas. Otro ejemplo se produce al calentar ciertos tipos de aceite, lo que genera la aparición en la superficie de una compleja estructura de hexágonos. Estos cambios son repentinos y no lineales. Hay múltiples factores que actúan a la vez, los unos sobre los otros.