A partir del siglo IV, tras la conversión al cristianismo del emperador Constantino, el castigo a los herejes fue más severo. La posesión de libros denunciados como heréticos se convirtió en delito y los ejemplares encontrados eran destruídos. Hasta los descubrimientos de Nag Hammadi no existían textos originales en los que pudieran estudiarse sus planteamientos. Desde que terminó su publicación, la que demoró cerca de 30 años por diversas dificultades de orden académico pues todos querían ser los primeros, se han multiplicado las investigaciones y existe una gran bibliografía sobre ellos.

Estas investigaciones han demostrado que la tradición cristiana representa sólo una pequeña selección de fuentes, elegidas entre docenas. Quién hizo la selección, por qué motivo, por qué se excluyeron los demás escritos, porqué fueron prohibidos como heréticos, qué los hacía tan peligrosos, son preguntas que tienen explicaciones políticas y sociales, además de religiosas. Los debates que promovían estos evangelios gnósticos eran cruciales para el desarrollo del cristianismo como religión institucional. Es por eso que a ideas cuyas implicaciones eran contrarias a dicho desarrollo, se les colocó la etiqueta de herejías, mientras que ideas que lo apoyaban implícitamente se consideraron ortodoxas.

Diferencias entre ortodoxos y gnósticos.

Después del descubrimiento de Nag Hammadi se pudo estudiar por primera vez la otra cara de la medalla, esto es, lo que los gnósticos atacaban de los ortodoxos. El Segundo Tratado del Gran Set señalaba: eramos odiados y perseguidos, no sólo por aquellos que son ignorantes (paganos) sino también por aquellos que creen estar promoviendo el nombre de Cristo, toda vez que están vacíos sin saberlo, no sabiendo quienes son, igual que animales estúpidos.

Para los gnósticos, la iglesia católica era una iglesia de imitación, una falsificación. Tales cristianos -decían- inmersos en una ciega arrogancia pretenden poseer la legitimidad exclusiva: Algunos que no entienden el misterio hablan de cosas que no comprenden, pero se jactan de que el misterio de la verdad
les pertenece a ellos solos. Alrededor del año 200, la controversia entre ortodoxos y gnósticos estaba en su punto más alto. Ambos creían representar la iglesia verdadera y se acusaban mutuamente de ser intrusos, hermanos falsos e hipócritas. La diferencia fundamental se centraba en quiénes podían formar parte de lo que ambos denominaban iglesia verdadera.