Los gnósticos, por el contrario, afirmaban que lo que distingue la iglesia falsa de la verdadera no es su relación con el clero, sino el nivel de comprensión de sus miembros. Aquellos que son de la vida – declara
el Apocalipsis de Pedro – habiendo sido iluminados, discriminan por cuenta propia entre lo que es verdadero y lo que es falso. No tratan de dominar a los otros ni se someten a los obispos y diáconos, aquellos canales sin agua.

En el fondo, los gnósticos se preocupaban de su propio desarrollo espiritual como individuos, mostrándose indiferentes ante las responsabilidades de la iglesia con la comunidad.

Conocimiento Secreto.

A diferencia de los evangelios del Nuevo Testamento, los evangelios llamados gnósticos, se identificaban
a sí mismos como secretos. El Libro Secreto de Juan, por ejemplo, comienza ofreciendo revelar los misterios y cosas escondidas en el silencio que Jesús enseñó a sus discípulos. Estas serían enseñanzas ocultas a los ojos de los muchos.

En general, la gnosis no se presenta como una nueva religión. Lo que pretende es poseer el esoterismo (lo oculto, reservado) de religiones preexistentes: fundamentalmente del cristianismo, el judaísmo, el islamismo. Casi siempre los gnósticos fundan escuelas de iniciación, en que van comunicando los misterios a los aspirantes a medida que maduran, por medio de revelaciones sucesivas.

En la gnosis cristiana Jesús es considerado el poseedor de secretos salvadores. Después de su ascensión a los cielos, habría impartido una enseñanza secreta indispensable para comprender el sentido oculto de
los evangelios. Y del mismo modo como Jesús reservó esta enseñanza a un grupo reducido de discípulos de ambos sexos, la instrucción de los misterios gnósticos se dispensa sólo a unos pocos dignos de ella. Pocos pueden poseer este conocimiento; uno entre mil, dos entre diez mil. (Evangelio de Tomás).

Tipo de Conocimiento.

Este secreto es un verdadero conocimiento (gnóstico viene del griego gnosis, palabra que suele traducirse como conocimiento). Pero gnosis no significa conocimiento racional. La lengua griega distingue entre conocimiento científico o reflexivo (teoría) y conocimiento por observación o experiencia, que es la gnosis. Tal como la utilizan los gnósticos se podría traducir como intuición ya que la gnosis entraña un proceso intuitivo de uno mismo.